En tant qu'auto-entrepreneur, bien gérer sa facturation n'est pas optionnel. Une facture mal rédigée, un numéro de TVA manquant, ou un oubli de relance peut vous coûter cher — en temps, en argent, et en crédibilité.
La bonne nouvelle : les logiciels de facturation pour auto-entrepreneurs ont fait d'énormes progrès ces dernières années. Certains sont gratuits. D'autres, très abordables, vous font gagner des heures chaque mois.
Voici notre comparatif des 5 meilleurs outils testés en 2025.
Notre classement rapide
- Pennylane → Meilleur outil tout-en-un (facturation + compta + banque)
- Tiime → Meilleur rapport fonctions/prix pour les freelances
- Freebe → Meilleur pour les freelances créatifs (design, dev, photo)
- Shine → Meilleur si vous voulez aussi un compte bancaire pro
- Zervant → Meilleur gratuit pour débuter
1. Pennylane — Le plus complet du marché
Pennylane s'est imposé en quelques années comme la référence pour les auto-entrepreneurs et petites entreprises françaises. Il fait tout : devis, factures, suivi de trésorerie, connexion bancaire, rappel automatique des impayés, et même déclaration de TVA.
Points forts :
- Interface la plus claire et la plus moderne
- Connexion à votre compte bancaire (suivi en temps réel)
- Gestion automatique des relances d'impayés
- Application mobile complète
- Export comptable prêt à transmettre à votre expert-comptable
- Support en français
Points faibles :
- Prix un peu élevé pour un simple auto-entrepreneur
- Certaines fonctions avancées réservées aux plans supérieurs
Tarifs :
- Solo : 9 €/mois
- Business : 19 €/mois
- Premium : 49 €/mois
Notre note : 4,8/5
2. Tiime — Le favori des freelances
Tiime (anciennement Indy) est conçu pour les indépendants français. Simple, rapide, bien pensé. Il couvre les devis, factures, notes de frais et intègre directement les obligations fiscales des auto-entrepreneurs (suivi du CA, alerte plafond).
Points forts :
- Alertes automatiques sur le plafond de CA auto-entrepreneur
- Gestion des notes de frais avec scan de justificatifs
- Tableaux de bord fiscaux clairs
- Prix très compétitif
Points faibles :
- Moins complet que Pennylane sur la partie comptabilité
- Pas de module CRM
Tarifs :
- Gratuit (fonctions de base)
- Premium : 8 €/mois
Notre note : 4,5/5
3. Freebe — Pour les créatifs et consultants
Freebe est l'outil de référence pour les freelances créatifs : graphistes, photographes, développeurs, consultants. Il combine CRM léger, gestion de projets, facturation et suivi de rentabilité — le tout dans une interface très soignée.
Points forts :
- Gestion de projets intégrée (suivi du temps, livrables)
- CRM léger pour gérer ses clients
- Design exceptionnel
- Suivi de rentabilité par client et par projet
Points faibles :
- Moins adapté si vous avez beaucoup de factures récurrentes
- Pas de connexion bancaire automatique
Tarifs :
- Essentiel : 9 €/mois
- Premium : 15 €/mois
Notre note : 4,4/5
4. Shine — Si vous voulez aussi un compte bancaire
Shine est avant tout une banque pro en ligne pour auto-entrepreneurs et freelances. Mais son application intègre aussi la facturation, le suivi du CA et des outils pour les déclarations URSSAF. Si vous n'avez pas encore de compte bancaire professionnel, c'est un excellent choix tout-en-un.
Points forts :
- Compte bancaire pro + IBAN français inclus
- Facturation intégrée directement dans l'appli bancaire
- Suivi URSSAF en temps réel
- Carte bancaire pro incluse
Points faibles :
- Facturation moins avancée que des outils dédiés
- Coût mensuel plus élevé si vous avez déjà une banque
Tarifs :
- Basic : 7,90 €/mois (compte + facturation)
- Pro : 11,90 €/mois
Notre note : 4,3/5
5. Zervant — Le gratuit pour débuter
Zervant propose une version gratuite fonctionnelle pour créer et envoyer des factures. Idéal si vous débutez en auto-entrepreneuriat et que vous voulez tester sans engagement. La version gratuite est limitée (nombre de factures), mais suffisante pour 1 à 2 clients.
Notre note : 3,8/5
Comment choisir son logiciel de facturation ?
Vous venez de créer votre auto-entreprise : commencez avec Tiime gratuit ou Zervant. Passez à payant quand votre CA dépasse 1 000 €/mois.
Vous êtes freelance créatif ou consultant : Freebe est fait pour vous.
Vous voulez tout centraliser (banque + factu + compta) : Pennylane ou Shine selon si vous avez déjà une banque pro.
Vous avez un expert-comptable : Pennylane — les exports sont directement exploitables par votre comptable.
Les mentions légales obligatoires sur une facture auto-entrepreneur
Quelle que soit l'application choisie, votre facture doit obligatoirement mentionner :
- Vos nom, prénom et adresse
- Votre numéro SIRET
- La mention "Auto-entrepreneur" ou "Micro-entrepreneur"
- Le numéro de TVA intracommunautaire (si assujetti)
- La mention "TVA non applicable, art. 293 B du CGI" (si non assujetti)
- Un numéro de facture séquentiel
- La date d'émission et la date d'échéance
- Le détail des prestations et les montants
Tous les logiciels de notre comparatif gèrent ces mentions automatiquement.
Notre verdict
Pour un auto-entrepreneur en 2025, notre recommandation est :
- Débutez avec Tiime (gratuit, simple, alerte plafond CA)
- Passez à Pennylane quand votre activité se développe (facturation + compta + banque)
- Choisissez Freebe si vous êtes freelance créatif ou consultant et que vous gérez plusieurs projets en parallèle
Les essais gratuits durent entre 15 et 30 jours — profitez-en avant de vous engager.